Hay guys…. Do you know what
GDIS??? Haaa?? Don’t knowing??? Oh..
okay, calm, this is it, I give to you ^^
okay, calm, this is it, I give to you ^^
GDIS
(Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah
untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur
periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki
fitur berikut:
§ Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan
banyak lagi).
§ Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp,
ReaxMD, dan SIESTA.
§ Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
§ Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan
konstruksi supercell.
§ Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
§ Pola difraksi generasi dan merencanakan.
§ Animasi multi-frame file.
§ Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
Berikut
akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya
akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan
aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.
Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :
Klik
pada ikon new model untuk membuat model baru,
Pada
kolom model pilih model : editing,
Pada
bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan
klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya
akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom
O.
Berikutnya
untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan
klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita
buat…
Pada
aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi
kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat
dengan memilih Displaypada bagian model seperti pada gambar berikut
ini.
Klik
sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah
sesuai pilihan anda. :)
Menggunakan Tool Measurements
Dengan
aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak
antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik
ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :
Klik
pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita
ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles)
kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai
nilai dari pengukuran.
Tool Animation
Dengan
tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan
ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk
gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon
Animation maka akan muncul tampilan berikut :
Klik
pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie,
pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan
anda pada jendela gambar akan terekam.
Selanjutnya
untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu
pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan
diputar..
Filed Under : #GDIS
0 komentar:
Posting Komentar